像R1，雅马哈R6没有利用新技术来实现其惊人的性能。雅马哈对这款自行车进行了严格的减重过程，以使其在600cc级别中获得最佳的功率重量比。雅马哈R6的直列四缸DOHC发动机是第一款后轮功率超过100马力的日本600发动机。
雅马哈R6的第一个大变化出现在2003年，当时它被赋予了一个新的底盘和一个新的发动机，以燃油喷射。雅马哈R6的重量从399磅显著下降。烘干至357磅。干了。2005年，雅马哈R6获得了倒挂叉和径向安装的前刹车。
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一款全新的雅马哈R6在2006年问世。新R6的特点是鲜明的造型和车身，它的消声器被重新安置到自行车的下方，只有一个短的，motogp式排气管显示在自行车的右侧。新的雅马哈R6发动机现在生产127曲轴马力，并配备了一个拖鞋离合器作为标准设备。
实际上，2006年的雅马哈R6在每分钟16500转的时候出现了红灯，但是一个错误显示R6在每分钟17500转的时候出现了红灯，这是第一款红线超过每分钟17000转的量产跑车。发动机的转速如此之高，同时又能保持可靠性，为此做了很多工作，但后来披露，这款自行车的真正红线比它低1000转。
2006款雅马哈R6还采用了雅马哈的电传飞传雅马哈芯片控制节流阀(YCC-T)，通过计算来自各种传感器的输入来控制节流阀，并计算EXUP设置、节流阀位置和点火提前的最佳组合，以提供可控的动力。
2008年，雅马哈R6采用了雅马哈芯片控制进气道(YCC-I)，它缩短了进气道轨道的长度，只需0.3秒，以提高发动机性能。R6的副车架现在由镁制成，发动机压缩比提高到13:1，新的车身给雅马哈R6一个新的外观。2010年，为了提高中程动力，雅马哈改变了内部发动机设置，加长了排气管。
雅马哈R6赢得了两个世界超级运动冠军:在2000年与约尔格·特赫特和2009年与卡尔·克拉奇洛。在2009年和2010年的雅马哈R6赢得代托纳200与本博斯特罗姆和乔希赫林分别。
